Kebanyakan orang-orang Masyumi itu berpikir strukturalis dan bahkan cenderung formalis. Tak lama sesudah tokoh-tokoh Masyumi dikeluarkan dari tahanan, mereka mulai bergerak untuk merehabilitasi partai itu. Partai adalah alat untuk mencapai tujuan. Karena itu, keberadaan Masyumi adalah keharusan. Dukungan untuk merehabilitasi Masyumi juga datang dari Persahi. Para ahli hukum mengeluarkan statemen yang ditandatangani Dr. Wirjono Prodjokiduro, agar Masyumi direhabilitasi, karena partai itu adalah korban kesewenang-wenangan Orde Lama. Padahal Wirjono pula, yang ketika menjadi Ketua Mahkamah Agung, memberikan fatwa kepada Soekarno tentang keabsahan alasan hukum untuk membubarkan Masyumi berdasarkan Penetapan Presiden (Penpres) Nomor 7 Tahun 1959 tentang Penyederhanaan dan Pembubaran Partai Politik. Penpres itu sendiri sangat kontroversial, karena tidak ada dasar hukum keberadaannya. Prawoto Mangkusasmito mengatakan bahwa Penpres itu adalah langkah sepihak Presiden Soekarno untuk menyeleksi mana partai yang mendukung Revolusi pro Nasakom dan mana yang menentangnya.

Namun keinginan tokoh-tokoh Masyumi untuk merehabilitasi partainya segera menghadapi tembok penghalang yang kukuh. Soeharto dan para jendral pemegang kendali Orde Baru, ternyata cenderung bersikap anti ideologi. Mereka bukan saja anti Komunis, tetapi juga anti Islam yang ditransformasikan sebagai ideologi dan kekuatan politik. Slogan terkenal Orde Baru sejak kelahirannya ialah “melaksanakan Pancasila dan UUD 1945 secara murni dan konsekuen”. Mereka mempunyai tafsir sendiri terhadap Pancasila dan UUD 1945, yang kemudian dijadikan doktrin dan pijakan ideologis Orde Baru. Dalam komunikasi politik yang dibangunnya, Orde Baru mengatakan bahwa mereka tidak berorientasi ideologi. Mereka ingin membangun. Mereka cenderung “anti politik” dan mengedepankan langkah pragmatis untuk menyelesaikan persoalan sosial ekonomi yang amat berat. Kekuatan politik baru muncul dibalik Orde Baru, yakni militer dan teknokrat pragmatis, sebagiannya berorientasi ideologis kepada PSI dan kalangan politisi dan teknokrat non Muslim. Sebagai mesin politik, mereka mereorganisasi Sekber Golkar menjadi Golongan Karya (Golkar), yang mereka katakan bukan partai politik seperti halnya partai-partai yang lain.

Meskipun menolak rehabilitasi Masyumi, namun Orde Baru dibawah kepemimpinan Jendral Soeharto sedia berkompromi untuk mewadahi kelompok eks Masyumi, dengan memberi peluang kepada mereka mendirikan Partai Muslimin Indonesia (Parmusi).Namun penguasa Orde Baru menolak eks tokoh-tokoh Masyumi memimpin partai itu. Jangankan Natsir dan Prawoto, Mohamad Roem yang dikenal sangat moderat, diplomatis dan kompromis juga ditolak. Djarnawi Hadikusuma, tokoh muda Muhammadiyah yang dikukuhkan menjadi Ketua Parmusi juga terganjal, sampai akhirnya dengan dukungan penguasa, partai itu dikomandani oleh Jailani Naro yang tak begitu jelas akar keterlibatannya dalam gerakan politik Islam di masa lalu.

Itulah awal keterlibatan kekuasaan dalam mengintervensi suatu kekuatan politik. Sejak itu, hampir tidak ada partai yang sepenuhnya independen dan berdaulat. Setiap calon pimpinan sebuah partai, memerlukan “restu” atau persetujuan penguasa. Intervensi kekuasaan, baik terang-terangan maupun secara terselubung melalui operasi intelejens, selalu membayangi setiap partai dan gerakan politik manapun juga. Bahkan lebih jauh dari itu, setiap organisasi – termasuk organisasi sosial, kepemudaan dan profesi — gerakan kampus bahkan sampai ke mesjid-mesjid tidak sunyi dari pantauan intelejens. Orde Baru melakukan rekayasa sosial dan politik yang efektif melaluiDwi Fungsi ABRI. TNI dan POLRI bukan saja kekuatan pertahanan dan keamanan, tetapi juga kekuatan sosial dan politik. TNI dan POLRI mendapat jatah kursi di DPR, MPR dan DPRD. TNI melalui Kodam, Kodim dan Koramil, aktif memantau semua gerakan politik, bahkan melakukan intervensi terhadap semua kegiatan itu, demi menjaga “stabilitas nasional” untuk kelangsungan pembangunan.

Meskipun telah menghirup udara bebas, tokoh-tokoh inti Masyumi secara perlahan mulai tersingkir dari panggung politik, sejalan dengan menguatnya Orde Baru. Mohammad Natsir dan rekan-rekannya mendirikan Dewan Dakwah Islamiyah Indonesia, dan mulai memusatkan perhatian mereka ke bidang dakwah, sambil tetap bersikap kritis kepada Pemerintah Orde Baru. Dulu kita berpolitik, sekarang kita berdakwah. Nanti hasilnya akan sama saja, kata Natsir kepada saya suatu ketika.Natsir mungkin benar. Dakwah Islam akan makin meluas dan tak terbendung, justru ketika kiprah politik mereka menghadapi hambatan. Natsir dan kawan-kawannya mulai menyadari bahwa mereka mulai tua. Mereka mulai berpikir untuk membangun kesadaran keagamaan kepada masyarakat menuju masa depan. Mereka perlu menyiapkan generasi penerus bangsa yang dilandasi semangat dan komitmen Keislaman. Untuk itu dakwah dalam arti seluas-luasnya, terutama di kampus-kampus, harus dilaksanakan dengan sungguh-sungguh.

Orde Baru merancang format politik dan pembangunan Indonesia ke depan secara sistematik dan terencana. CSIS (Center for Strategic and International Studies) menjadi salah satu lembaga kajian yang tersohor dalam merumuskan dan memback-up konsep-konsep pembangunan Orde Baru dengan berbagai rekayasanya. Buku Ali Moertopo yang berjudul “Akselerasi Modernisasi 25 Tahun” yang diterbitkan CSIS adalah salah satu “buku sakti” yang memuat perencanaan itu. Dari buku itu saja suda tergambar bahwa Presiden Soeharto telah dirancang untuk menjadi Presiden minimal 5 periode, atau lima kali Pelita (Pembangunan Lima Tahun) sampai saatnya Indonesia tinggal landas dalam pembangunan ekonomi. Dalam rekayasa politik, partai-partai dikelompokkan berdasarkan program, bukan lagi berdasarkan ideologi. Akhirnya partai-partai Islam berfusi dengan tekanan penguasa ke dalam Partai Persatuan Pembangunan, dan partai-partai nasionalis, Kristen dan Katolik ke dalam Partai Demokrasi Indonesia. Sejak itu selalu dikatakan bahwa di negara kita ini ada dua partai politik dan satu Golongan Karya. Golongan Karya (Golkar) meskipun memenuhi segala syarat dan rukun – kalau menggunakan istilah fikih – untuk disebut sebagai partai politik, menolak menyebut dirinya sebagai partai.

Pancasila menjadi satu-satunya ideologi bagi semua kekuatan politik dan UUD 1945 menjadi landasan operasionalnya dengan tafsiran khas Orde Baru. Ketuhanan Yang Maha Esa sebagai sila pertama Pancasila, kata Ali Moertopo, bukanlah tuhan sebagaimana dipahami agama, melainkan tuhan dalam makna politik. Proses sekularisasi Pancasila mulai dicanangkan. Konsepsi ideologis keagamaan mulai dipinggirkan. Namun pada saat bersamaan, secara bertahap konsepsi mistis-Kejawaan mulai menguat, dan berujung dengan munculnya Eka Prasetya Pancakarsa sebagai pedoman pelaksanaan Pancasila melalui Ketetapan MPR tahun 1978, meskipun ditentang keras oleh PPP. Sekularisme dan Javanisme seakan menemukan titik temu dan saling mendukung. Kebatinan Jawa mendapat baju baru yang dinamai Aliran Kepercayaan, sehingga terkesan mendapat legitimasi konstitusional di dalam Pasal 29 UUD 1945. Status Aliran Kepercayaan hampir-hampir mendapat perlakuan setara dengan agama. Soeharto, Ali Moertopo dan Sudjono Humardani berada di balik semua ini. Zahid Hussein, salah seorang pejabat di Sekretariat Negara, menjadi operator penyebar-luasannya.